Tương truyền chùa Phúc Khánh được xây dựng vào cuối thời Trần, trên nền đất làng Sở (ban đầu chỉ là một ngôi chùa nhỏ để dân làng thờ Phật, sau nhiều lần trùng tu, mở rộng, chùa mới có khuôn viên như ngày nay). Sang đến thời Lê sơ, nhất là vào thời Hậu Lê, chùa Sở trở thành một trường học, đào tạo tăng ni, phật tử cho cả nước.
Sau đó, vào năm 1776, chùa Phúc Khánh bỗng nhiên gặp cơn binh hỏa, phật đài, tịnh xá, nền móng bị đổ nát. Có vị tăng đồ của chùa Trấn Quốc đi qua, được dân làng Sở ái mộ mời ở lại để trụ trì. Dân làng Sở đã bỏ công sức, cúng tiền, khuyến cáo thập phương hợp sức xây lại chùa. Nhưng cũng có tài liệu cho rằng chùa nằm trong khu vực diễn ra trận đánh Đống Đa năm 1789 nên bị đổ nát, sau được nhà sư Chiếu Liên xây dựng lại với sự hỗ trợ của Đô đốc Trần Văn Lễ (thời Tây Sơn).
Tam quan chùa Phúc Khánh được làm theo kiểu hai tầng, cửa giữa lớn, cửa bên nhỏ hơn, phía bên trên làm kiểu gác chuông. Hai bên tam quan xây hai trụ biểu, phía bên trên mỗi biểu đắp hình con sấu chầu vào nhau. Thân trụ trang trí ô hộc, đắp chữ Hán.
Chùa Phúc Khánh có kết cấu kiểu chữ Công không cân xứng. Qua tam quan đến sân chùa lát gạch và nơi thờ tự bao gồm tiền đường và hậu cung.
Tiền đường 5 gian làm theo kiểu “đầu hồi bít đốc”. Chính giữa bờ nóc đắp nổi một hình cuốn thư, bên kiếm, bên bút lông.
Hậu cung 3 gian.
Nhà tổ 4 gian.
Trong chùa hiện còn lưu giữ được hiện vật quý là quả chuông đúc từ thời Tây Sơn, do đô đốc Trần Văn Lễ cúng tiến. Ngoài ra còn có 20 pho tượng trong chùa, có nhiều pho được làm từ thời Tây Sơn có giá trị nghệ thuật cao.
Bên cạnh các pho tượng, chùa còn giữ được những hiện vât nghệ thuật giá trị như 21 tấm bia đá, tấm cổ nhất là năm 1698; 14 bộ bao lam (cửa võng); 3 đại hồng chung và các đồ thờ rất quý khác như bát hương đồng, long ngai, nhang án, chuông cổ (đúc năm 1796)...
Chùa đã được Bộ Văn hóa và thông tin xếp hạng di tích kiến trúc, nghệ thuật ngày 16 tháng 11 năm 1988
Chùa Phúc Khánh là ngôi chùa linh thiêng có tiếng ở Hà Nội, năm nào người đến đây lễ cũng đông. Sau những lời cầu khấn cho một năm mới làm ăn sung túc, nhiều người đến ban thờ Đức ông để rút quẻ đầu năm. Nhiều người tín rằng, chùa Phúc Khánh rất linh thiêng, cầu gì được đấy, nên khách thập phương đến dâng lễ tại chùa Sở vào những ngày lễ, tết, sóc vọng năm nào cũng nườm nượp như trẩy hội.
Đặc biệt, những người trắc trở về tình duyên thường đến chùa Phúc Khánh nhờ nhà chùa làm lễ cắt tiền duyên (vì tin có người âm quá lưu luyến với mình không muốn mình được hạnh phúc bên người khác), cầu mong cắt được duyên âm để duyên phận sẽ sớm được tốt đẹp.
Loại hình sinh hoạt tâm linh tiêu biểu của chùa Phúc Khánh là lễ cầu an (tổ chức vào ngày Rằm tháng Giêng), lễ cầu siêu và lễ dâng sao giải hạn.
Lễ cầu an và lễ dâng sao giải hạn từ lâu đã trở thành một “thương hiệu” gắn liền với tên tuổi chùa Phúc Khánh. Nhiều người tin rằng các nghi lễ cầu an và dâng sao giải hạn của chùa Phúc Khánh thật sự có hiệu quả.
Cùng với lễ cầu an đầu năm và lễ dâng sao giải hạn diễn ra hàng tháng, chùa Phúc Khánh còn là một điểm thu hút phật tử nhiều nơi đến làm lễ cầu siêu, đưa rước vong linh người thân của mình gửi lên chùa. Cầu siêu, nói một cách ngắn gọn là một khóa lễ mà ở đó người ta cầu cho các chân linh, vong hồn sau khi từ giã dương gian được siêu sinh tịnh độ.